L’histoire commence là où la série s’était terminée, lorsque Gordon Shumway – mieux connu sous le nom de Alf, acronyme de « Alien Life Form » – est capturé par la Task…

Popeye part à la recherche de son père. Arrivant dans un village près de la mer, il se retrouve confronté à Brutus alors qu’il s’amourache d’Olive.