Sur Terre, Haruo et ses acolytes entrent en contact avec la tribu des Houtuas. Pour vaincre Godzilla, ils entament un périple vers les anciens locaux de Mechagodzilla.

L’alliance terrestre s’affaiblit, et Haruo envisage de rejoindre les Exif, dont le culte funeste cherche à invoquer un monstre capable de détruire le monde.

Esseulé, le mystérieux Killy poursuit sa recherche du terminal génétique jusque dans un village aux abois et accepte de venir en aide aux habitants.

Un groupe de réfugiés tente de recoloniser la Terre 20 000 ans après sa conquête par Godzilla. Mais un jeune homme est bien déterminé à prendre sa revanche.