Michelangelo, Donatello, Leonardo et Raphael sont de retour pour affronter des méchants toujours plus forts et impressionnants, aux côtés d’April O’Neil, Vern Fenwick et d’un nouveau venu, le justicier masqué…

Quand une cheville ouvrière menace la ville de New York, un groupe de guerriers tortues mutés doit sortir de l’ombre pour protéger leur maison.