Après qu’une expérience scientifique ait conduit à la création d’un clone de Mewtwo, il entreprend de détruire le monde. Ash et ses amis décident alors de déjouer les plans diaboliques…

Le médium Yoh Asakura participe à un tournoi opposant tous les 500 ans les shamans qui aspirent à devenir le tout-puissant Shaman King.

Dans une ville déserte au bord de mer, Sacha, Pikachu et leurs amis rencontrent Hoopa, le Pokémon fabuleux qui a le talent de faire apparaître des personnes et des Pokémon…