À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair…

Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus…

Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu’au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé…

Ishikawa Goemon met la main sur un objet secret, ce qui provoque la colère du sanguinaire Toyotomi Hideyoshi. Sa tête mise à prix, le voleur virtuose va rapidement se retrouver…

Un accident dans les essais d’un bouclier magnétique révolutionnaire précipite une unité de l’armée japonaise, 460 ans dans le passé, à l’époque où les seigneurs de la guerre se partageaient…