Lors de la précédente expédition, Milo Thatch et ses amis ont trouvé l’Atlantide et ont sauvé le mystérieux royaume. Mais, Milo, Kida et leur équipe doivent remonter à la surface…

Une tasse de café renversée sur un ordinateur provoque une explosion dans un établissement scientifique. N’ayant pas évacué les lieux car il y dormait, Nick Halloway découvre qu’il est devenu…